PKT Kebun Raya Bogor sebagai institusi konservasi ex situ tertua di Indonesia mempunyai kewajiban menanggapi minat yang besar dari berbagai daerah untuk membangaun Kebun Raya Baru di wilayah masing-masing. Sejak tahun 1999 Kebun raya bogor memberikan dukungan terhadap pembangunan kebun raya disetiap provinsi diawali kebun raya Bukit sari, Jambi.

Sementara itu berkembangnya minat membangun Kebun Raya baru di daerah-daerah lain direspon oleh PKT Kebun Raya Bogor dengan menyiapkan kajian potensi daerah untuk pembangunan kebun Raya. Kajian mencakup potensi vegetasi dan geodasi lokasi calon kebun raya, serta persepsi dan kondisi sosial ekonomi budaya masyarakat calon kebun raya. hasil kajian digunakan sebagai dasar untuk pembuatan masterplan pembangunan kebun raya. Hasil analisis menunjukan bahwa capaian kinerja untuk kegiatan tersebut sangat tinggi karena didukung pemda setempat umumnya sangat menggembirakan.

Sampai tahun 2007 pembangunan Kebun Raya baru adalah sebagai berikut :

1. Kebun Raya Enrekang
2. Kebun Raya Kuningan
3. Kebun Raya Katingan
4. Kebun Raya Puca
5. Kebun Raya Batu Raden
6. Kebun Raya Sungai Wain
7. Kebun Raya Liwa
8. Kebun Raya Sambas
9. Kebun Raya Sanggao
10. Kebun Raya Lombok Timur
11. Kebun Raya Samosir
12. Kebun Raya Batam
13. Ecopark